تستعد مكتبة الحرم المكي لعرض مجموعة من المخطوطات النادرة والثمينة والتي لها أثر تاريخي مهم، وذلك إيمانا منها على ضرورة نقل نواة المعلومات والعلوم والمعارف الهامة، من خلال تخصيص مركز للعناية بنوادر المخطوطات.
ولا تكتفي المكتبة بحفظ تلك المخطوطات بل أيضا تقوم بترميمها وتعقيمها وتجليدها بشكل دائم ومستمر وذلك لإعطائها عمراً أطول، خوفا عليها من التلف والاستفادة منها لأطول وقت ممكن.
تضم المكتبة مجموعة متنوعة من النوادر، منها 7849 مخطوطة أولية ومصورة، و 372 مخطوطة غير عربية وتضم اللغات الأوردية، التركية، الفارسية، كما أنها تضم مجلدات وفهارس المخططات يبلغ عددها 554، وتضم 31476 مخطوطة رقمية.
وقد حققت المكتبة عدد كبير من المخطوطات منها مسند الموطأ لمؤلفه عبدالرحمن بن عبدالله بن محمد الغافقي المتوفى سنة 381 هـ، وتاريخ نسخه سنة 693 هـ وشرح ابن عقيل، نزهة النظر، وجاري العمل على تحقيق غيرها من العناوين لاحتوائها على نسخة نادرة من الفروسية والمناصب النجم الدين حسن الرماح، و مخطوطة مجمع البحرين في زوائد المعجبين النجم علي بن أبي بكر بن سليمان الهيثمي، وغيرها من المخطوطات المهمة.
تضم مكتبة الحرم المكي 11 قسم مختلف، مع عدد كبير من القاعات التي تقدم الخدمات المختلفة للطلاب من أجل افادة طلاب العلم والزوار وشغوف التعلم ، كقاعة “معالي الشيخ ناصر الراشد” الخاصة بالقراءة والاستطلاع وهدف هذه المكتبة العريقة هو إعلاء شأن المكتبة عن طريق التبادل المعرفي فيما بين الأشخاص القراء والمؤسسات وذلك باستخدام أحدث طرق التقنية للتعلم، كما تضم المكتبة حوالي مائتي الف مجلد كتاب باللغة العربية.